Eine Synapomorphie ist in der Biologie – speziell in der Kladistik – ein abgeleitetes (apomorphes) Merkmal, das Arten taxonomisch zusammenfasst.[1] Ob ein Merkmal als Synapomorphie anzusehen ist, ist Gegenstand der Evolutionsforschung und biologischen Systematik.
Abgeleitet bedeutet dabei, dass das phylogenetische Merkmal gegenüber den evolutionären Vorläufern bei allen Schwestergruppen, die zusammengefasst sind, auftritt. Auch der Verlust eines Merkmals kann als Synapomorphie gewertet werden. Als Merkmal kommen sowohl anatomische als auch physiologische oder direkte genetische Merkmale wie z. B. DNA-Sequenzen in Betracht.
Der Begriff Synapomorphie hängt von der betrachteten Ebene des phylogenetischen Systems ab. Eine Synapomorphie aller Schwestergruppen erscheint auf der nächsttieferen Ebene des taxonomischen Systems als Symplesiomorphie.[2] Die Synapomorphie steht in den abgeleiteten, phylogenetisch klassifizierenden Merkmalen also zwischen Autapomorphie und Symplesiomorphie.